銀杏樹生長過程中，常見的病害為葉枯病、干腐病，這兩種病害都是性病害。對于葉枯病的防治，在苗木生長前期使用25%多菌靈500倍液、70%甲基托布津600倍液均勻噴灑兩三次，并及時掉落葉。對于干腐病，可全樹噴灑靚果安800倍液。對于每年均會發生干腐病的銀杏樹來說，需將病毒Ⅱ號300～400倍液稀釋后進行整株噴施和灌根。
常見的銀杏樹蟲害是卷葉蛾和薊馬。對于卷葉蛾，可人工摘除蟲苞、卷葉來控制危害，還可通過噴灑50%辛硫磷乳油1000倍液來誘殺成蟲。對于薊馬，可在銀杏樹生長前期噴灑2.5%敵殺死乳油2 000倍液或噴灑40%樂果或氧化樂果乳油1 000～1 500倍液進行防治 。
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